Alors que Bub et Bob menaient une vie paisible sur l'île de Pao Pao, Chack'n leur rend visite et les avertit que l'Arbre de Vie est attaqué par les Mangeurs de Temps et risque d'être détruit par eux. En entendant ces paroles, Bub part en quête, accompagné d'un partenaire choisi par le joueur, pour vaincre ces créatures et découvrir qui se cache derrière cette attaque.
Le gameplay est identique à celui des opus précédents, cependant, le jeu introduit plusieurs nouvelles fonctionnalités et éléments dans la série. Parmi ceux-ci, on trouve des bulles plus petites permettant au joueur de viser des zones restreintes, de grosses bulles qui transforment toutes les bulles du niveau en bulles de la même couleur, et des blocs qui peuvent déplacer le pointeur vers différentes zones du jeu.